พ.ร.บ.วัตถุอันตราย พ.ศ.2535 เป็นกฎหมายหลักที่ใช้ควบคุมวัตถุอันตรายทุกประเภท โดยวัตถุอันตรายแต่ละกลุ่มจะถูกแบ่งออกตามการใช้เพื่อเป็นการง่ายต่อการควบคุมโดยหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เช่น สารเคมีอันตรายทางอุตสาหกรรมอยู่ภายใต้การควบคุมของกรมโรงงาน ยาและสารเคมีที่ใช้ด้านสาธารณสุขอยู่ภายใต้การควบคุมของสำนักงานอาหารและยา ส่วนสารเคมีกำจัดศัตรูพืช อยู่ภายใต้การดูแลของกรมวิชาการเกษตร
สาระสำคัญของพ.ร.บ.วัตถุอันตราย มีดังนี้ 1) กำหนดอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการวัตถุอันตราย ซึ่งมีปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม เป็นประธาน และประกอบด้วยข้าราชการจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ผู้ทรงคุณวุฒิด้านต่างๆ รวมไปถึงผู้ทรงคุณวุฒิที่เป็นตัวแทนจากองค์การสาธารณประโยชน์ เพื่อการมีส่วนร่วมของภาคประชาชน อย่างไรก็ตามความเหมาะสมของผู้แทนเหล่านี้อาจยังเป็นที่น่าสงสัยเนื่องจากมีตัวแทนจากบรรษัทสารเคมีเกษตรอันดับหนึ่งของโลกและจากกลุ่มธุรกิจเข้ามาดำรงตำแหน่ง 2) กำหนดกลไกการควบคุมวัตถุอันตราย ตั้งแต่การขึ้นทะเบียน การติดฉลากคำเตือน การนำเข้า/ส่งออก และการครอบครอง โดยแบ่งประเภทสารเคมีเป็น 4 ประเภทตามความอันตราย สารเคมีอันตรายซึ่งรวมถึงสารเคมีกำจัดศัตรูพืชจะต้องขึ้นทะเบียนและจัดเป็นวัตถุอันตรายประเภทที่ 3 ส่วนสารเคมีที่ห้ามนำเข้าและห้ามใช้นับว่าเป็นวัตถุอันตรายประเภทที่ 4 ซึ่งปัจจุบันมีอยู่ 96 ชนิด (และมีวัตถุอันตรายที่อยู่ในบัญชีเฝ้าระวังของกรมวิชาการเกษตรอีก 11 ชนิด) ในส่วนของการควบคุมการโฆษณา มีการอ้างถึงกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองผู้บริโภค จึงไม่มีการควบคุมสารเคมีกำจัดศัตรูพืชทางกฎหมายเป็นการเฉพาะ 3) กำหนดหน้าที่ ความผิดทางแพ่ง และการกำหนดโทษ หากมีการฝ่าฝืนกฎหมาย
การปรับปรุงแก้ไข พ.ร.บ.วัตถุอันตราย เมื่อปี 2551 ได้ยกเลิกทะเบียนวัตถุอันตรายเดิมทั้งหมดภายในเดือนสิงหาคม 2553 เนื่องจากในอดีตไม่มีการกำหนดอายุทะเบียน จึงเป็นหนึ่งในสาเหตุที่ทำให้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชในประเทศไทย มีทะเบียนและชื่อการค้าจำนวนมากถึง 27,000 กว่ารายการ ในกฎหมายฉบับใหม่ วัตถุอันตรายต้องขึ้นทะเบียนทุกๆ 6 ปี พร้อมกับมีขั้นตอนการขึ้นทะเบียนที่เข้มงวดมากขึ้น ในส่วนของสารเคมีกำจัดศัตรูพืชซึ่งมีกรมวิชาการเกษตรเป็นรับผิดชอบ ได้กำหนดให้มีการขึ้นทะเบียน 3 ขั้นตอน ได้แก่ 1) การทดลองเบื้องต้นด้านประสิทธิภาพและพิษวิทยาในห้องแล็บที่ได้รับมาตรฐาน GLP ของ OECD 2) การทดลองในแปลงสาธิต เพื่อทราบข้อมูลการตกค้าง พิษระยะปานกลาง พิษเรื้อรัง และมีการกำหนดว่าสารเคมีควรใช้ในพืชชนิดใด 3) การประเมินข้อมูลต่างๆ เพื่อทราบประสิทธิภาพ ความปลอดภัยต่อมนุษย์ สิ่งแวดล้อม และพิษเรื้อรังระยะยาว 2 ปี
อย่างไรก็ตาม ในขณะที่ทะเบียนใหม่กำลังอยู่ในระหว่างการขึ้นทะเบียน มีการอนุโลมให้บริษัทสามารถจำหน่ายสารเคมีที่อยู่ในสต็อกและในร้านค้าได้อีก 2 ปี หรือภายในสิงหาคม 2556 (แต่ห้ามให้มีการนำเข้าภายใต้ทะเบียนเดิม)
หลังการอนุญาตขึ้นทะเบียน บริษัทสามารถนำเข้าสารเคมีกำจัดศัตรูพืชได้ทันทีและต้องแจ้งการนำเข้าแต่ละครั้งให้หน่วยงานที่รับผิดชอบทราบ เพื่อบรรเทาภาระทางภาษีของเกษตรกร กฎหมายประมวลรัษฎากรจึงกำหนดละเว้นภาษีนำเข้าสารเคมีเหล่านี้ตั้งแต่ปี 2534 จากเดิมที่อัตรา 5% รวมถึงมีการละเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มในปีถัดมา แต่เนื่องจากผลกระทบภายนอกของสารเคมีกำจัดศัตรูพืช ทำให้มีการผลักดันให้รัฐกลับมาเก็บภาษีสารเคมีเหล่านี้อีกครั้ง ผ่าน (ร่าง) พ.ร.บ.เครื่องมือทางเศรษฐศาสตร์เพื่อการจัดการสิ่งแวดล้อม หรือ (ร่าง)พ.ร.บ.กองทุนเกษตรกรรมยั่งยืนเพื่อการจัดการเรื่องภาษี ซึ่งจะทำให้รัฐสามารถใช้เงินภาษีในการพัฒนาเกษตรกรรมที่เป็นมิตรต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม
เนื่องจากไม่มีกฎหมายใดทำหน้าที่ควบคุมการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชโดยตรง จึงมีการพัฒนานโยบายท้องถิ่นและโครงการต่างๆ ขึ้นมาเพื่อลดการใช้สารเคมีอันตรายและส่งเสริมการใช้สารเคมีที่ถูกต้อง เช่น Safe Use, Integrated Pest Management (IPM), และการให้มาตรฐาน Good Agricultural Practice (GAP) นอกเหนือจากนี้ กรมส่งเสริมการเกษตรเป็นหน่วยงานหลักที่ให้คำแนะนำเรื่องการเพาะปลูกและการกำจัดศัตรูพืชแก่เกษตรกร
เมื่อการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชส่งผลให้เกิดการตกค้างในพืชผลทางการเกษตร มาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ เรื่องสารพิษตกค้าง: ปริมาณสารพิษตกค้างสูงสุด พ.ศ.2551 จึงได้กำหนดค่าตกค้างสูงสุด (Minimum Residue Limits: MRLs) ของสารเคมีกำจัดศัตรูพืชในพืชผลแต่ละชนิด หากมีการตกค้างเกินค่ามาตรฐานก็นับว่าผลผลิตไม่ปลอดภัย หรือในบางกรณี การตรวจพบสารเคมีปนเปื้อนที่ไม่ได้อยู่ในบัญชีดังกล่าว หมายความว่าเกษตรกรไม่ควรใช้สารเคมีชนิดนั้น ทำให้ผลผลิตไม่มีความปลอดภัยเช่นกัน ในทางปฏิบัติ มีหลายหน่วยงานที่ให้บริการตรวจวิเคราะห์การตกค้างของสารเคมีกำจัดศัตรูพืชในอาหาร เช่น กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ สำนักวิจัยและพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร ภายใต้กรมวิชาการเกษตร สถาบันวิจัยโภชนาการ ม.มหิดล เป็นต้น แต่ไม่มีหน่วยงานหลักที่ทำหน้าที่ตรวจสอบความปลอดภัยของอาหารเป็นการเฉพาะ ข้อมูลสถิติการปนเปื้อนจึงไม่ครอบคลุมทั่วประเทศและไม่มีการเปิดเผยข้อมูลต่อสาธารณะอย่างต่อเนื่อง